Самая яркая часть службы и жизни у полковника Анатолия Семеновича Козина пришлась на период афганской войны. С первого дня и до последнего пребывания там советских войск. Он вводил войска, нес службу вместе с ними и вплотную занимался выводом. Был одной из наиболее ярких личностей в составе Оперативной группы Министерства обороны СССР в Афганистане все те годы. На нем висели главным образом задачи демонстрации того, что советские войска пришли в эту страну не для того, чтобы только воевать, а для того, чтобы строить новую жизнь, закладывать основы экономики.
Генерал армии Валентин Варенников, возглавлявший Оперативную группу, вспоминает Анатолия Козина: «Этот удивительный человек постоянно бурлил, заражал своей энергией всех окружающих, вносил инициативные, разумные предложения. К тому же он безупречный исполнитель, доступный, общительный, корректный, но самое главное – одаренный организатор, неповторимый воин исключительного мужества и настоящий патриот. Он решал многие вопросы и часто – самостоятельно. Но эпопея со строительством высоковольтной линией электропередачи была по-своему уникальной. Если бы банды душманов не подрывали ночами огромные железобетонные стойки, несущие толстые медные провода, приведенные из Алма-Аты, то работа было бы завершена и две мощные текстильные фабрики шерстяных и хлопчатобумажных тканей с современным оборудованием были бы запущены. Оппозиция не могла допустить этого. Поэтому бандформирования делали все, чтобы сорвать работы. До сих пор удивляюсь, как вообще остались живы наши воины вместе с полковником Козиным».
Дорогой Анатолий Семенович, наш боевой товарищ! Судьба была благосклонна к тебе на войне. Ты много сделал во славу отечественного оружия, ты всегда являл для нас пример самоотверженного воина. С днем 80-летия! Здоровья, здоровья и еще раз здоровья!
Оперативная группа Минобороны 1980–1989 годы
Владимир Скосырев 
Андрей Мельников